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施用した肥料の約20％は流亡するため、地下水などの汚染につながる恐れがあります。空いている畑に緑肥作物を作ることで、肥料の流出を抑え、残効肥料の利用が可能となります。
また、多収の緑肥をすき込み土壌での分解が進むと、「腐植」と呼ばれる物質がたくさんできます。この「腐植」が保肥性の高い土をつくり、今まで土中に存在しながら使えなかったリン酸を、作物の使える状態（リン酸の有効化）にします。

すき込み時期は、一般的には緑肥作物の種子が登熟する前、出穂始め頃が適しています。種子ができてからでは、雑草化する恐れがあります。
緑肥作物が土壌中にすき込まれ分解が始まると、ピシウム菌やリゾクトニア菌等の、農作物に有害な菌が増加しますが、分解が終了すれば、菌の密度は低下します。

また、分解時に土壌中の窒素が利用されるため、土壌中は窒素飢餓（窒素が著しく不足する状態）になります。この窒素は、分解後に徐々に農作物が利用できる状態に戻ります。
以上のことから、緑肥作物をすき込んで一定の期間は農作物を作付けしないようにします。一般的に、この期間は50～60日といわれていますが、緑肥作物の分解条件である土壌の温度、水分条件、後作作物などによって違いますので、注意が必要です。なお、石灰窒素等の窒素肥料は、緑肥作物の分解を早めますので、すき込み時に同時施用するのも良いでしょう。